30.12.2019

Homo sapiens w Muzeum Narodowym czyli o komunikacji i nieporozumieniach w sposobie zapisu



Niedawno odwiedziłem Warszawę i wybrałem się z żoną do Muzeum Narodowego. Dużo do oglądania, jeden raz nie wystarczy. Tym bardziej, że akurat były bardzo ciekawe wystawy czasowe. Tradycyjnie dużo zdjęć narobiłem licząc, że się przydadzą na blogu lub do wykładów. W dziełach mistrzów wypatrzyłem kilka ważek i innych owadów. No cóż, takie zawodowe skrzywienie i ukierunkowana uwaga.

Była też łyżka dziegciu. Dwujęzyczne wprowadzenie do wystawy ze sztuką koreańską (na ilustracji wyżej). Błąd ortograficzny czyli źle zapisana nazwa naukowa rodzaju Homo. Z małej litery (czy małą literą?). Niestety jest to coraz częściej spotykany błąd nawet w książkach naukowych, tych humanistyczno-historycznych. Świadczy to o coraz większym oderwaniu od przyrody i nauk przyrodniczych, a przynajmniej w ich klasycznym wydaniu. Oburzać się czy machnąć ręką? Przecież zapis ma znaczenie przede wszystkim komunikacyjne. Żeby takie błędy pojawiały się w Muzeum Narodowym? Wiele osób to ogląda i utrwala sobie błędną pisownię. Przecież ma znaczenie czy zapiszemy jeży lub Jerzy, może lub morze (dawniej chróściki obecnie chruściki, czyli zmiany ortograficzne w czasie). Gdy zapiszemy homo faber to inaczej odczytamy tę nazwę. Nie jako kolejną nazwę gatunku człowieka lecz jako określenie społeczne czy kulturowe.

Jedna litera a tak wiele zmienia. W odczytaniu treści. Zupełnie jak ze zmianami nukleotydów w DNA - małe, pozornie bez znaczenia zmiany w kolejności a czasem skutkujące sporymi znaniami rozwojowymi lub ewolucyjnymi. A może na język też trzeba spojrzeć ewolucyjnie i zamiast kolejny raz się oburzać spróbować zrozumieć zjawisko?

Język dla ludzi stanowi nie tylko formę komunikacji ale także identyfikację swój-obcy. Nieustannie się zmienia w różnych grupach, plemionach, itd. Po słowach, akcencie czy gramatyce możemy odróżnić swoich od obcych. Taka ewolucyjna wieża Babel, która skutkuje pomieszaniem języków i utrudnia komunikację.

Także w biologii dużo się zmienia. Punkt zainteresowania przenosi się na biologię molekularną a klasyczne już nazwy gatunkowe i poprawność ich zapisu przesuwane są na margines. Drażnią mnie błędy w zapisie nazw gatunkowych ale sam jednocześnie wielu innych zasad w komunikacji nie rozumiem i słabo się w nich poruszam (czyli w konsekwencji popełniam błędy). Nie tylko mam na myśli języki obce ale i inne działy biologii. W rozrastającej się liczebnie ludzkości aktywnych mózgów jest coraz więcej. I aktywnie tworzących nowe treści naukowców także. Nie sposób nadążyć za ewolucją wiedzy i języka. Współpracujemy i funkcjonujemy w coraz większych społecznościach i przebywamy w coraz większych zasobach słów, pojęć, znaczeń. Sztuczna inteligencja i mobilny internet jest nam coraz bardziej potrzebny. Trzeba się tylko nauczyć z tej protezowej pomocy korzystać. Nie tylko w postaci translatorów, tłumaczących z i na inne języki, ale także z innych dziecin życia. Bo czy przez błędne zapisanie nazwy rodzajowej człowieka (Homo) utrudni się zrozumienie treści zwiedzającym wystawę ludziom? Z kontekstu wywnioskują, że chodzi o gatunek biologiczny, a bardziej dociekliwi może skojarzą, że 700 tys. lat p.n.e. to musiał być Homo erectus, Znacznie później pojawił się Homo sapiens a być może byli także i Denisowianie, których dziedzictwo zachowało się jedynie w genomach Azjatów. Tak, krótka i wstępna informacja, wprowadzająca w tematykę wystawy, jest tylko początkiem przygody poznawania. Oglądając eksponaty można ograniczyć się do odczytania etykiet (czasem wysłuchania krótkich opowieści audio). Ale można uruchomić swój telefon komórkowy i doczytać niejasne kwestie, zrobić zdjęcia by potem szukać w książkach i zasobach internetowych.

Wróćmy do nazw. Pierwsze nazwy gatunkowe zapisywano jako zwyczajowe. Przy nagromadzeniu się poznanych i komentowanych roślin i zwierząt z różnych regionów pojawiły się wątpliwości czy chodzi o te same gatunki. Gdy liczba obiektów, w wyniku rozwoju nauki, zwiększyła się znacząco, to pojawiła się potrzeba systematyzacji, nadania reguł. Takim działaniem był Linneuszowski system klasyfikacji gatunków: nazwa dwuczłonowa, łacińska (bo wtedy łacina była językiem uniwersalnym, naukowym), nazwa rodzajowa z dużej litery, kursywą (italiki czyli pismo pochyłe, miało to oczywiście swoje uzasadnienie historyczne, związane z rozwoje pisma i druku). Pojawił się kodeks czyli ściśle opisane zasady zapisywania i nadawania nazw gatunkowych. A jeśli jest kodeks-wzornik, to łatwo pilnować przestrzegania reguł i poprawiać błędy-odstępstwa. Łatwiej o jednoznaczny przekaz komunikacyjny.

W pełnej nazwie gatunkowej pojawia się także nazwisko lub skrót nazwiska i rok opisania. Na przykład polska, zwyczajowa nazwa to chruścik wielki a naukowa to Phryganea grandis Linnaeus, 1758, w skrócie Phryganea grandis L. Inny przykład: Plectrocnemia conspersa (Curtis, 1834) - co znaczy, że gatunek opisał Curtis w 1834 ale nawias wskazuje, że w wyniku rewizji zmieniono nazwę rodzajową (Curtis opisał tego chruścika pod nazwą  Philopotamus conspersa). Dzięki tym przejrzystym i powszechnie zaakceptowanym nazwom można bez problemu ustalić właściwą nazwę gatunkową (nawet jeśli pojawia się w starszych pracach i w postaci synonimów naukowych).

Nowe gatunki dalej się opisuje czyli wprowadza nowe nazwy do języka nauki. Ale w wyniku dynamicznego rozwoju biochemii i biologii molekularnej opisuje się coraz więcej genów, białek, enzymów, transktyptomów. I w tym właśnie świecie czuję się nieco bezradny. Pierwsze nazwy związku organicznych powstawały spontanicznie, były dłuższymi opisami, czasem skracanymi do powszechnie zrozumiałych skrótów czy akronimów (ATP, DNA).  Pojawiają się chyba już jakieś zasady, których jeszcze nie rozumiem. Wyłapuję z kontekstu.

Jeśli się nie mylę to geny (ich nazwy) zapisujemy małymi literami i kursywą (choć są i wyjątki, które biorą się z już istniejącego zapisu np. ATP (Adenozyno-5′-trifosforan) literami, czyli geny  ATP6, ATP8. Natomiast białka, kodowane przez te geny, zapisujemy dużymi literami i pismem zwykłym. Czyli takie samo słowo lub ciąg znaków zapisany bądź kursywą bądź dużymi literami będzie co innego znaczyło. Tak samo jak homo i Homo.  Aczkolwiek enzymy mają swoją klasyfikację - jeśli się nie mylę zapisywane są z dużej litery i kursywą, ale są i wyjątki. Ja się w tym jeszcze nie bardzo orientuję. Kilka innych, bardziej oczywistych przykładów: gen Igf2, gen tra ale biało TRA,  białko 273R,  gen  273R, gen sxl, kodujący (w uproszczeniu) białko SXL, dsx to gen, DSX to białko, slo i  Slo (powinno być SLO?). W podręcznikach które właśnie przeglądałem (by się nieco dokształcić) najczęściej występuje słowo posiłkowe, ujednoznaczniające: gen, biało, enzym; enzym Cas9 ale gen CXCR4, gen HTT, gen CCR5 i białko CCR5. I kilka enzymów dla przykładu (andonukleazy), fragment pisany kursywą, końcówka już nie: AluI, BamHI, EcoRI. Być może potrzeba nowego Linneusza by tę różnorodność ujednolicić i jakoś sklasyfikować. A może jest już to skodyfikowane tylko ja jestem z innego "plemienia" i potrzebuję dobrego "translatora-objaśniacza"?

Oburzam się na błędnie zapisane nazwy gatunkowe ale sam nie potrafię poprawie zapisywać pojęć i słów z innych obszarów wiedzy. Czy w coraz bardziej rozrastającym się świecie pojęć i znaczeń jesteśmy bezradni? Jakie kompetencje są potrzebne by sprawnie się w takim świecie poruszać? Czy więcej wkuwać na pamięć czy raczej uczyć się korzystania z dostępnych narzędzi i umiejętnie pytać innych ludzi? Nikt nie wie wszystkiego ale każdy wie coś.

Pora więc przestać pałać świętym oburzeniem (podkreślać, że zauważyłem jakiś błąd czyli zaznaczać, że coś więcej wiem niż inna osoba) a skupić się na poznawaniu i dociekaniu. Przecież fascynującą właściwością ludzkiego mózgu jest odczytywanie właściwego sensu mimo braków, niedokładności i błędów. Podobnie jest chyba na poziomie odczytywania informacji genetycznej.

(źródło: https://www.crazynauka.pl/tekst-z-poprzestawianymi-literami/)

29.12.2019

Mój portret - nie tylko dydaktyczny

(Z Autorką portretu Teresą Kosman. Wernisaż wystawy Grupy A*R*T. 
Fot. Halina Ławczyńska, zdjęcie z serwisu Olsztyn24)
Naukowiec ma różne obiekty badawcze. Moimi są przede wszystkim owady, w szczególności chruściki (Trichoptera). W przypadku poszukiwań dydaktycznych obiektem badawczym, swoistym "królikiem doświadczalnym", są także studenci. Czasem jednak zdarza się, że to ja jestem obiektem badawczym. O dwóch takich przypadkach chcę teraz opowiedzieć.

Pierwszy to mój portret, namalowany przez Teresę Kosman. W młodości, gdy zaczynałem malować farbami olejnymi, próbowałem malować także i portrety. Słabo mi to wychodziło. Potem wielokrotnie rysowałem owady i inne bezkręgowce - piórkiem lub rapidografem (ilustracje do publikacji lub opracowań dydaktycznych). Rysowanie czy malowanie wymaga głębszego poznania obiektu "portretowanego".  Znajomość anatomii i morfologii znacząco ułatwia graficzne odwzorowanie. Uchwycenia istoty, kwintesencji obiektu. Do portretu nigdy nie pozowałem. Tylko do zdjęć u fotografa, robionych do dyplomów czy paszportu. Pani Teresa malowała mój portret w ukryciu i tajemnicy (to miała być niespodzianka). Miała więc zadanie znacznie trudniejsze. Byłem dla niej kolejnym obiektem badawczym. Bo okazuje się, że malowanie portretu to swoiste wyzwanie - poznać obiekt, rozwiązać ileś tam problemów malarskich.

Pani Teresa Kosman jest emerytowanym nauczycielem akademickim z Wydziału Nauk Społecznych UWM, maluje od 2009 r. próbując różnych technik malarskich i podejmując się różnej tematyki. Od 2012 r. główną jej pasją stały się portrety. Maluje w oleju i akrylu portrety rodzinne, przyjaciół i znajomych, malowane z miłości, przyjaźni i szacunku. Doświadcza radości i satysfakcji, kiedy portret ukończy a osoba sportretowana jest zadowolona. Ja byłem i zaskoczony i zadowolony. A podobieństwo pierwsza przetestowała sztuczna inteligencja z Facebooka, gdy Pani Teresa chciała w tajemnicy pokazać zdjęcie znajomym - FB szybko sam oznaczył poprawnie zdjęcie. Oryginały wszystkich portretów namalowanych przez nią zostały zaprezentowane w 2019 r. na majowej wystawie pt. „Portrety”. Podczas uroczystego otwarcia tej wystawy w dniu 7 maja 2019 r. otrzymała od Prezydenta Olsztyna Piotra Grzymowicza list gratulacyjny z wyrazami uznania za rozwijanie pasji malarskiej i doskonalenie sztuki plastycznej. Dwa ostatnio namalowane portrety (w tym jeden mnie ilustrujący) przedstawiła na październikowej wystawie Grupy A*R*t w Bibliotece Uniwersyteckiej UWM w Olsztynie.

Drugim przykładem, o którym piszę, to praca badawcza i monografia dr Zofii Okraj pt. "Bez szablonu. Twórcza praca dydaktyczna w doświadczeniach nauczycieli akademickich", wydana w Warszawie w 2019 roku przez Difin SA. Znalazłem się w bardzo szacownym gronie "obiektów badawczych". Część, dotyczącą moich poszukiwań i eksperymentów dydaktycznych, znalazła się w rozdziale 4.5 Pasja poszukiwania i odkrywania oraz eksperymentowanie z różnymi metodami i myśleniem wizualnym w "nauczeństwie" dr hab. Stanisława Czachorowskiego (strony; 224-248). Wyjątkowa okazja spojrzeć na siebie z boku, oczami innych osób i to w kontekście badawczym.

Już w czasie wywiadu miałem okazję spojrzeć na siebie retrospektywnie. A w zasadzie na działania edukacyjne i zastanawianie się nad przyczynami i powiązaniami różnych elementów. Co z czego mogło wynikać. Teraz mogę w bardziej usystematyzowany sposób przyjrzeć się swoim poszukiwaniom dydaktycznym.

Moją uwagę zwróciła rycina 21. "Wyróżniki indywidualnego warsztatu pracy dydaktycznej" w usystematyzowany sposób przedstawiająca mój edukacyjny portret. Cóż badaczka dostrzegła?

  • Neologizmy
  • Refleksyjność
  • Ocena opisowa
  • Wykorzystanie różnych form myślenia i notowania wizualnego
  • Różnorodność stosowanych rozwiązań jako antidotum wobec nudy odczuwanej na zajęciach dydaktycznych
  • Wykorzystywanie nowinek technologicznych
  • Poszukiwanie różnych i skutecznych kanałów komunikacji ze studentami
  • Prowadzenie zajęć poza salą wykładową (parki, trawniki)
  • Kształcenie poprzez odkrywanie
  • Wspólnota nauczanych i uczących się
  • Upodobnienie procesu kształcenia do działań "koła naukowego dla wszystkich". 

Niezwykle frapująco jest spojrzeć na siebie z perspektywy obiektu badawczego, sportretowanego przez inną osobę, innego badacza.

28.12.2019

Butelkowe wołanie o pomoc

(Butelki z jesiennej wystawy Grupy A*R*T, Biblioteka Uniwersytecka, 2019)

Rozbitek, szukający ratunku, pisze na kartce wiadomość, zamyka ją w butelce i rzuca w morze. Liczy, że jego przekaz, jego wołanie trafi w końcu w czyjeś ręce a przekaz zostanie odkodowany i zrozumiany. I że przybędzie ktoś na ratunek. Ja butelki maluję i w taki sposób tworzę przekaz. Maluję świat przyrody, który znika. Potem butelki pokazuję na wystawach, rozdaję ludziom lub przeznaczam na aukcje charytatywne. I liczę, że zakodowany przekaz trafi na mądry, podatny grunt. Że ktoś to odczyta... Liczę na ratunek dla Homo sapiens i dla Ziemi.

Pracujemy coraz więcej i wydajniej by kupować i konsumować coraz więcej. W rezultacie jesteśmy przemęczeni i wypaleni zawodowo a Ziemia zasypana jest śmieciami. Arteterapia czyli terapia sztuką pomaga człowiekowi a jeśli połączona jest z recyklingiem i upcyklingiem to pomaga Ziemi. Czyli również nam samym, daje nam przyszłość bez katastrofy ekologicznej. Bo jeśli nie zadziałamy i przyjdzie prognozowana katastrofa, związana z przegrzaniem klimatu, to nie będziemy mieli przyszłości. Zwłaszcza młode pokolenie. My starzy, swoje przeżyliśmy. A ja miałem szczęść żyć w spokojnych i dostatnich czasach.

Aktywnie odpoczywam przy sztuce, w czasie tworzenia, w czasie malowania rzeczy pozornie niepotrzebnych, wyrzuconych. Często maluję z innymi w przestrzeni publicznej, w parku, na uczelni, na ulicy, w czasie pikniku edukacyjnego. Jest to ukryty, społeczny wymiar sztuki. Tworzyć i być artystą amatorem może być każdy – bo można tworzyć dla siebie a nie jako aktywność zawodowa i zarobkowa. Rękodzieło jest niepowtarzalne i unikalne, Wymaga tylko czasu i wysiłku. Tylko i aż tyle. Bo w epoce nieustannego pospiechu czas jest deficytowy. Nawet czas dla siebie, dla Ziemi.

Od wielu lat zbieram stare butelki i słoiki i poprzez malowanie zebranym "śmieciom" nadaję nową wartość. Jest to filozoficzny podtekst nadawania rzeczom zbędnym, także i ludziom wykluczonym, spisanym na straty, zapomnianym, nowej ważności i wartości. Recykling rzeczy i znaczeń to promocja postaw przyjaznych środowisku i ludziom.Taki styl życia nazwałbym ekologizmem, uznaniem wspólnotowości Homo sapiens i wspólnotowości (systemowej złożoności) życia na Ziemi.

Malowanie butelek jest jak nauka – ma służyć ulepszaniu świata. Jest jak chasydzka przypowieść, by za pomocą drobiazgu, jaką jest przywrócona do życia butelka, polny kamień czy stara dachówka, opowiedzieć o rzeczach ważnych i większych - za pomocą części pokazać całość. Wzajemne relacji i uwarunkowania odległych z pozoru rzeczy. Opowiedzieć o efekcie motyla i o współodpowiedzialności. Jest to nieustająca opowiedzieć o wspólnotowych potrzebach człowieka, opowiedzieć o różnorodności biologicznej nas otaczającej, i o tym że w wyniku naszej nadmiernej konsumpcji zagrożona jest wyginięciem. My sami i otaczający nas świat. A jeśli ktoś potrzebuje i takiego sformułowania wprost to proszę bardzo:- szanować i chronić dzieło Boże, świat nas otaczający.

Malowanie odstresowuje i jest formą auto-arteterapii. Wymaga wytrwałości i cierpliwości, wymaga zwolnienia i daje czas oraz warunku do refleksji. Być może buduje uważność (tego słowa nie ma jeszcze w moim słowniku Google, najwyższa pora by się pojawiło). Ja często maluję w przestrzeni publicznej i razem z innymi ludźmi. Wypalenie zawodowe, związane jest z przeciążeniem emocjonalnym i fizycznym, powodowane jest bezpośrednio przez stres, występujący w miejscu pracy i wynikający z szybkiego tempa życia, wyścigu szczurów i budowaniu pozycji społecznej przez coraz większą konsumpcję. Doświadcza tego coraz większa liczba osób. Doświadczam i ja.

Uprawianie sztuki bez oceniania i krytykowania przyczynia się do relaksacji i odprężenia. Z kolei wyciszenie sprzyja kreatywnemu myśleniu, rozwojowi osobowości, wzmaga pozytywne emocje, wiarę we własne siły. I jak już wspomniałem sprzyja refleksji. Podnosi samoocenę a tym samym przeciwdziała wypaleniu zawodowemu. W czasie malowania rzeczy zbędnych i wyrzuconych można zrozumieć potrzebę posiadania czasu dla siebie (głównie na realizację projektów nie związanych z pracą zawodową). W czasie tworzenia już po kilkudziesięciu minutach eliminowane są negatywne emocje (stres, irytacja), towarzyszące na co dzień, pobudzana jest kreatywności, rozwijana jest wyobraźnia i logiczne myślenia. Fizjolodzy wspominają o redukcji hormonów stresu. W pewnym sensie arteterapia jest to inwestycja zawodowa, ważna dla nauczyciela, naukowca. Chyba dla każdego.

Rozbitek na samotnej wyspie, jeśli chce przekazać informację, wkłada list do butelki i rzuca do wody. Może ta butelka z ważnym przekazem do kogoś dotrze? Jest wołaniem o ratunek. W tym przypadku jest to wołanie o ratunek dla Ziemi i dla nas: apel o ograniczenie zużywania surowców, ograniczenie liczby odpadów. Apel o ograniczenie emisji gazów cieplarnianych i spalania węgla pod najróżniejszą postacią.

Maluję po to, żeby te butelki nie trafiły na śmietnik. By były powtórnie wykorzystane, obdarowuję nimi przyjaciół, znajomych lub czyniących dobro ludzi. Na butelkach widnieją różne gatunki roślin, grzybów i zwierząt, występujących u nas. Jest to też prośba o ratunek dla różnorodności biologicznej, bo te gatunki również są zagrożone. Malowane butelki to opowieść o lokalnej przyrodzie utrwalona na szkle użytkowym.

W styczniu moje butelki pojawią się na wystawie w Bibliotece Wojewódzkiej na Starym Mieście. Jeszcze jedna okazja do opowieści i wołania na puszczy (by te puszcze ocalić). Biblioteki stają się coraz bardziej miejscem spotkać ludzi z ludźmi, nie tylko poprzez książkowy papier ale i poprzez relacje bezpośrednie. Miejsce integracji i spotkań społecznych. Czy trafiające tu butelki z ukrytym przekazem zostaną odszyfrowane i odczytane? Głęboko na to liczę.

Zakochany jestem w prowincji i lokalnej kulturze. Pociąga mnie szeroko folkloryzm. Malowanie i rysowanie zacząłem już w szkole średniej. Od ponad kilkunastu lat maluję butelki. Tematyką prac jest bioróżnorodność czyli przyroda Warmii i Mazur, w szczególności owady i zioła. Jest to próba uchwycenia dziedzictwa przyrodniczego i kulturowego regionu. Wiedza jest bogactwem i dobrem ogólnym, które jest warunkiem rozwoju cywilizacji i do którego prawo ma każdy. Tak jak do wody i powietrza. Nie można więc zamykać i ograniczać dostępu do wiedzy. Podobnie jest ze sztuką. Nauka i sztuka zachwyca się światem, każda na swój sposób i w odmiennej formie. W otaczającej rzeczywistości przyrodniczej dostrzegam nie tylko zależności przyczynowo-skutkowe, prawidłowości i obiekty badawcze, ale także piękno. Nauka jest ważną częścią kultury. Wyjaśnianie złożonej rzeczywistości wymaga wytrwałości. Malowanie na szkle lub starych dachówkach także. Ludzie dzielą się wiedzą (ale i sztuką, miłością) nie tylko ze względu na korzyści finansowe, lecz coraz częściej po to, żeby uczynić świat miejscem lepszym do życia. Swoisty trend dzielenia się (ang. sharing economy/collaborative consumption – ekonomia dzielenia się) obserwowany jest zarówno w sieci (zwłaszcza w mediach społecznościowych czy dziennikarstwie obywatelskim), jak i w świecie realnym (np. bookcrossing, jadłodzielnie itd.). Dzielenie się jest również podstawowym elementem nauki: jej postęp i rozwój ściśle związany jest z wymianą informacji, spostrzeżeń, wyników badań.

Rozdaję swoje butelki ludziom i instytucjom by przeciwdziałać wykluczeniu i rozmyślać nad nowym urządzeniem cywilizacji, nową odpowiedzią jak żyć. Na co dzień. Sztuka jest polem działania dla intuicji. Nauka jest polem działania racjonalności. Malujący naukowiec to negocjacje tych dwóch światów. W wymiarze osobistym malowanie jest dla mnie relaksem i terapią, jest wyjściem z wąskich ram życia zawodowego. Moje malowane butelki, słoiki, dachówki i kamienie ozdabiają wiele kawiarni i restauracji Olsztyna, regionu oraz powędrowały do wielu zakątków Polski, Europy i świata. Najdalej zawędrowały do Japonii i Nowej Zelandii.

Ty tez możesz malować, też możesz zmieniać świat na lepsze. To nie jest trudne. Maluj stare butelki i wytwarzaj mniej odpadów. A można to osiągnąć na bardzo różne sposoby. Na początek wystarczy pomyśleć i spojrzeć na świat jako zintegrowaną wspólnotową całość.

Więcej na e-portfolio: http://czachorowski1963.blogspot.com/ oraz na blogu https://gadajacedachowki.blogspot.com/

27.12.2019

Podstawy biologii komórki, cz. 1 i cz. 2.


Teoria komórkowa jest jednym z filarów biologii. Komórka - "mały, wypełniony cząsteczkami woreczek - zdolna do samopowielania stanowi powystawową jednostkę budulcową życia". Dla istot jednokomórkowych jest jednocześnie całym organizmem. "By zrozumieć siebie, [bo ludzie jako organizmy wielokomórkowe są zbudowani z komórek] a także świat, którego jesteśmy częścią, powinniśmy coś wiedzieć o życiu komórek. Wyposażeni w taką wiedzę będziemy - jako obywatele i osoby zarządzające globalnym społeczeństwem - lepiej przygotowani do podejmowania opartych na wiedzy decyzji dotyczących spraw coraz bardziej wyrafinowanych, od zmian klimatu i bezpieczeństwa żywnościowego, do technologii biomedycznych i pojawiających się zagrożeń epidemicznych." Tak w przedmowie do najnowszego wydania piszą autorzy. Komórki odkryto już dawno. Ciągle jeszcze jednak nauka znajduje nowe fakty, nowe informacje i nowe ujęcia teoretyczne. A poznając szczegóły możemy zrozumieć całość.

Dwutomowe wydanie Podstaw biologii komórki, w miękkiej oprawie, jest dobrze przygotowanym podręcznikiem zarówno dla studentów (biologii, biotechnologii, bioinformatyki, medycyny i różnych działów nauk o zdrowiu oraz nauk rolniczych) jak i dla nauczycieli oraz ambitnych licealistów. Polecam także pracownikom nauki, bo warto zajrzeć i zobaczyć co w innych działach biologii odkryto i uporządkowano w ostatnich latach. Dużo kolorowych schematów, wytłuszczenia ważniejszych terminów i pojęć, pytania kontrolne (umieszczone na marginesach oraz na końcu każdego rozdziału), streszczenia rozdziałów czynią tę pozycję wygodnym podrzędnikiem do nauki biologii, a w szczególności biologii komórki. Dla ułatwienia odpowiedzi na wszystkie pytania zamieszczone są na końcu podręcznika. Poza klasycznymi zagadnieniami w piątym wydaniu zawarte zostały nowe techniki, które pozwalają badać komórki i ich składniki z nieosiągalną jeszcze do niedawna precyzją (np. mikroskopia fluorescencyjna, mikroskopia krioeletronowa, najnowsze metody sekwencjonowania DNA i edycji genów). Autorzy omawiają nowe koncepcje dotyczące tego, jak komórki organizują i wspierają reakcje chemiczne, dzięki którym możliwe jest życie. Nie zabrakło także przeglądu najnowszych odkryć dotyczących genetyki człowieka. To co mnie szczególnie zachęca to rozważania w jaki sposób powstały komórki na Ziemi. A potem, w toku długotrwałej ewolucji, życie zawarte w komórkach zasiedliło każdą dostępną przestrzeń "od kominów hydrotermalnych na dnie oceanu po zmrożone szczyty gór - by w ten sposób przekształcić cale środowisko naszej planety." Jako miłośnika literatury faktu pociąga mnie odkrywanie "Jak to jest możliwe, że miliardy komórkę współdziałają ze sobą tak harmonijnie i tworzą duże organizmy wielokomórkowe, takie jak my sami?". Fakt, może jestem trochę niszowym czytelnikiem, który podręczniki do biologii czyta dla przyjemności. Polecam i innym. Warto nieprzymuszonym wracać do tematów znanych (?) ze szkoły czy studiów. W biologii na prawdę dużo się zmieniło. Odkryto ogromnie dużo i sformułowano wiele nowych teorii. Przydatne to będzie zwłaszcza filozofom.

Podstawy biologii komórki, część 1. i 2., Autorzy: Bruce Alberts, Karen Hopkin, Aleksander Johnson, David Morgan, Martins Raff, Keith Roberts, Peter Walter (przekład zbiorowy pod redakcją Hanny Kmity i Przemysława Wojtaszka), PWN 2019 (wydanie trzecie w Polsce, a piąte w ogóle).

Tych, których interesują ludzie i historie postępu naukowego, zainteresują fragmenty dotyczące odkryć naukowych, zawarte w każdym rozdziale w panelu pt. "Skąd to wiemy". Opisane są tam odkrycia, które po raz pierwszy pokazały, jak komórki przekształcają energię, zgromadzoną w pożywieniu oraz prezentują informacje "o doświadczeniach i ich planowaniu prac oraz pokazują, w jaki sposób biolodzy radzą sobie z ważnymi pytania, a także jak uzyskane wyniki doświadczeń kształtują przyszłe idee." Podręcznik uzupełnia ponad 160 filmów wideo, animacji, struktur cząsteczek i mikrofotografii, dostępnych on-line. Ten dodatkowy material przydatny będzie nie tylko w czasie samodzielnego studiowania złożonych i ważnych koncepcji, ale będzie także przydatny nauczycielom. Dla nich przygotowane zostały materiały dodatkowe, umieszczone na stronie wwnorton.com/instructors. W propozycji jest narzędzie oceniające on line (Smartwork5), interaktywny przewodnik dla nauczycieli, pakiet zajęciowy, bank testów, pliki z obrazami i animacje oraz filmy wideo. Materiały dla studentów  umieszczane zostały na stronie digital.wwnorton.com/ecb5, w tym przydatne do samodzielnej nauki testy wielokrotnego wyboru, wyzwania i pytania koncepcyjne itp.

Od poprzedniego wydania minęło 14 lat. W dynamicznie rozwijających się działach biologii oznacza to całą epokę. W podręczniku położono akcent na przejrzystość. Każdy rozdział zawiera: streszczenie, hasła kluczowe i pytania związane z tekstem i/lub rysunkami. W części 1. omówione zostały chemiczne składniki komórki oraz podstawy zasilania energetycznego procesów życiowych. W omawianiu makrocząsteczek skoncentrowano się na białkach i kwasach nukleinowych, co stanowi doskonałe wprowadzenie do przedstawienia podstawowych zagadnień biologii molekularnej, czyli procesów replikacji materiału genetycznego, jego naprawy i rekombinacji, a także ekspresji i ewolucji genów.

Rozdziały:
  • Komórki: podstawowe jednostki życia
  • Chemiczne składniki komórek
  • Energia, kataliza i biosynteza
  • Struktura i funkcje białek
  • DNA i chromosomy
  • Replikacja i naprawa DNA
  • Od DNA do białek: Jak komórki odczytują swój genom?
  • Kontrola ekspresji genów
  • Ewolucja genów i genomów
  • Analizowanie struktury i funkcji genów
W części 2. przedstawione zostały podstawowe mechanizmy i kluczowe dla życia procesy zachodzące w komórkach, związane m.in. z przemianami energetycznymi, transportem substancji i komunikowaniem się komórek, zagadnienia poświęcone podziałom komórkowym i mechanizmom ich regulacji, zaburzenia tych procesów prowadzące do mutacji, śmierci komórek i powstawania komórek nowotworowych.

Rozdziały:
  • Budowa błon
  • Transport rzez bony
  • W jaki sposób komórki uzyskują energię z pożywienia
  • Przekształcanie energii w mitochondriach i chloroplastach
  • Przedziały wewnątrzkomórkowe i transport białek
  • Sygnalizacja komórkowa
  • Cytoszkielet
  • Cykl komórkowy
  • Rozmnażanie płciowe i genetyka
  • Zespoły komórek: tkanki, komórki macierzyste i nowotwory.

Podręcznik Podstawy biologii komórki polecany jest przez blog Profesorskie Gadanie


21.12.2019

Życzenia świąteczno-noworoczne dla moich Czytelników


Na zbliżające się Święta Bożego Narodzenia oraz Nowy Rok  życzę moim Czytelnikom ciszy, nudy i spokoju. Byście mogli swoje myśli usłyszeć, błąkające się po zakątkach umysłu. Życzę zadumy i refleksji i niespiesznych rozmów przy pracy domowej. Jeśli nie przy łuskaniu fasoli to przynajmniej przy kręceniu maku, lepieniu pierogów, sprzątaniu mieszkania, modlitwie, malowaniu dachówek czy starych, pozornie już niepotrzebnych butelek i słoików. Nie trzeba wielu słów, nie trzeba spektakularnej aktywności. Ot tak, po prosu pomilczeć, byle w towarzystwie. A przy pracy wspólnej i dla dobra wspólnego (bo czymże innym jest wigilijna wieczerza, pasterka czy kolędowanie) mówić wiele nie trzeba. Wystarczy świadomość bycia razem obok siebie. Kontemplacja zwykłą pracą czy codzienną modlitwą.

Z okazji zbliżających się Świat Bożego Narodzenia życzę radości z odkrywania sensu. I powolnego życia w Nowym 20wo Roku. Bądźmy razem nawet w przestrzeni wirtualnej, tak sobie posiedzieć trochę, pomilczeć, pogapić się bez celu. Można i za okno.

Wszystkiego Dobrego Kochani!

20.12.2019

O dzieleniu się informacją, zdjęciami i wiedzą

Do napisania tego felietonu, tekstu, artykułu zabierałem się już kilkukrotnie (ciągle brakuje mi dobrego określenia na blogowe wpisy, tekst to jest niewątpliwie, ale wypadałoby jakoś ukonkretnić: artykuł, felieton czy jeszcze jakoś bo "wpis" - słabo brzmi). Inspiracją do napisania była duża liczba osób, które zobaczyły moje zdjęcia na mapach Google. Widoczny efekt dzielenia się zdjęciami.

Najpierw odłożyłem, może jak dojdzie do miliona, to wtedy napiszę. Potem miało być 1,5 miliona. A ciągle nie było czasu, miesiące mijały. W połowie grudnia Google przypomniał mi, że zamieściłem już  851 zdjęć, które wyświetlono 2 024 330 razy. W tym w mijającym roku wyświetlono je 1 236 876 razy. To efekt kumulatywności. Zdjęcia kiedyś dodane na mapach Google ciągle są wyświetlane. Gdy zaczynałem dodawać zdjęcia na wirtualnych mapach to nie przypuszczałem, że mogą mieć taki zasięg.

A może jestem frajerem, który za darmo oddaje własne, autorskie zdjęcia, dzieli się bezpłatnie opiniami o miejscach i lokalach i w ten sposób wzbogaca korporacyjny produkt, na którym ktoś zarabia reklamami. Bynajmniej nie jestem frajerem. To zwykłe, niekomercyjne dzielenie się wiedzą. I wzajemne wspieranie się. Sam przecież od lat korzystam bezpłatnie z map Google (tak jak i kilku innych zasobów takich jak poczta, blogger a więc serwis na którym działa mój blog). Skąd się to bierze to "bezpłatnie i za darmo"? W części z reklam, w części z wolontariatu takich osób jak ja.

Tak, Google jest przedsięwzięciem biznesowym. Ale jednocześnie ma bardzo dobrą, społeczną misję. I warto w tym brać udział. Całość zrobiona jest w formie gamifikacji, z punktami, poziomami i odznakami, z częstą informacją zwrotną. Mnie jednak bardziej pociąga użyteczność - dzięki zamieszczanym informacjom użytkownicy szybciej i lepiej docierają do ważnych dla nich danych i informacji.

Dzielmy się, nie tylko w czasie Świąt Bożego Narodzenia, którego popularnym symbolem jest Święty Mikołaj czy dodatkowe, puste nakrycie przy stole wigilijnym. Dzielenie się, w tym także danymi i wiedzą, bezsprzecznie ubogaca. I tego, który daje i tego, który otrzymuje.

Gdziekolwiek jestem i robię zdjęcia telefonem (a lubię robić zdjęcia z myślą o blogu, wykładach popularnych i kursowych na Uniwersytecie), to udostępniam je także na mapach Google. Jeden ze sposób upowszechniania wiedzy i dzielenia się zasobami.

Człowiek jest istotą społeczną i wspólnotowość ma głęboko zapisaną w "genach".

18.12.2019

Pod choinkę prezent dla Ziemi - studencki projekt z 2010 roku

Dokładnie dziewięć lat temu studenci biologii zorganizowali akcję "Prezent dla Ziemi pod choinkę". Projekt zrealizowany został w ramach przedmiotu ochrona środowiska. Uważałem i uważam, że sama teoria nie wystarczy. Zaangażowanie, działania i kreatywność sprzyja lepszemu zrozumieniu i szerszemu nabyciu wiedzy. Dlatego metodę projektu wykorzystuję od lat, praktycznie każdego roku. I to na różnych przedmiotach. Nauka przez działanie jest efektywniejsza. A i ja przy okazji zawsze się czegoś nauczę, coś poznam.

Patrząc na zdjęcia ze śniegiem (na dole niniejszego tekstu) i przywołane wspomnienia grudnia ze śniegiem, porównuję z aktualną sytuacją pogodową. To zaledwie 9 lat a jaka duża różnica. Zmianę klimatu widać jak na dłoni. Ile jeszcze trzeba złej woli i zacietrzewienia by negować antropogeniczne zmiany klimatu i uważać że ocieplenie to wymysł i "ściema" ekologów?

Wróćmy do tamtego projektu - łącznie zabraliśmy prawie 2 tony odpadów elektrycznych i AGD. Ale są efekty znacznie ważniejsze. Po pierwsze to doświadczenia i wiedza samych studentów. Bardziej zapamiętali to, co sami zrobili, wyszukali, opowiedzieli innym, niż gdyby wysłuchali tylko wykładów i wykonali kilka ćwiczeń. Jeszcze ważniejsze są kompetencje miękkie: umiejętność pracy w zespole, kreatywność, umiejętność wypowiedzi w grafice, mowie, piśmie, umiejętność wypowiedzi dla mediów itd. I po trzecie wpływ na otoczenie. Zapowiedzi i relacje ukazały się w co najmniej dwóch stacjach telewizyjnych, dwóch stacjach radiowych, na kilku portalach informacyjnych i blogach. Liczbę osób, do których dotarł główny przekaz akcji można najskromniej szacować w dziesiątkach tysięcy.

W 2009 roku po raz drugi studenci biologii zorganizowali przedświąteczną akcje ph. "Prezent dla Ziemi pod choinkę", która obejmowała zbiórkę zużytego sprzętu RTV i AGD (elektrośmieci). Duży odsetek takich elektrośmieci trafiał wtedy do lasu lub do pojemników komunalnych. Teraz być może jest lepiej pod tym względem. Edukacja i akcje przyniosły pozytywne efekty (ale i tak dużo zostało do zrobienia).

Zbiórka zaplanowana była w dniu 18 grudnia 2010 r., w pięciu miejscach Olsztyna (w tym w dwóch zorganizowanych przez studentów). W akcji wzięło udział 48 studentów z Wydziału Biologii (wtedy taką nosił nazwę). Swoje wsparcie zadeklarowali leśnicy (Nadleśnictwa: Jagiełek i Kudypy), poza dofinansowaniem druku plakatów i ulotek oraz ufundowali 40 choinek, dla mieszkańców Olsztyna, którzy pierwsi przynieśli swoje elektrośmieci do wyznaczonych punktów. Więcej informacji i relacji o projekcie znalazło się na dedykowanym blogu: http://prezentdlaziemi.blogspot.com.

Akcja była odpowiedzią na zalegające w nieodpowiednich miejscach odpady niebezpieczne (RTV i AGD) .Właściwe postępowanie z tego typu sprzętem polega na ręcznym demontażu składników stanowiących niebezpieczeństwo dla środowiska (ludzie są jego częścią) i ich utylizacji. Ważne jest, aby odseparować elementy zawierające niebezpieczne substancje od reszty urządzenia. Pozostałości, najczęściej obudowy, mogą być przetworzone i wykorzystane ponownie, co zmniejsza koszt środowiskowy produkcji sprzętu elektronicznego. Warunkiem przetworzenia sprzętu jest dostarczenie go w całości.

Wraz z postępem technologicznym coraz częściej decydujemy się na wymianę sprzętu RTV i AGD na nowocześniejszy i bardziej energooszczędny. Wtedy zastanawiamy się, co zrobić ze starymi urządzeniami. Najczęściej wynosimy je do piwnicy lub pozbywamy się go na osiedlowym śmietniku. Często można spotkać elektrośmieci wyrzucone do lasu czy pobliskiego rowu. Jest to zupełnie sprzeczne z ekologiczną troską o naturalne środowisko.

Większość obywateli nie zdaje sobie sprawy z tego jak dużo odpadów niebezpiecznych i potencjalnie niebezpiecznych znajduje się w zużytych sprzętach RTV i AGD. Odpady te nie powinny trafiać do ogólnych pojemników na śmieci. Opisywany projekt miał zwrócić uwagę konsumentów na skutki nieodpowiedniego składowania elektrośmieci oraz wskazać miejsca, gdzie BEZPŁATNIE można oddać zużyty sprzęt elektryczny. Jako biolodzy studenci chcieli uchronić las przed tak niebezpiecznym zanieczyszczaniem.

W związku ze zbliżającymi się świętami wiele osób planuje wymianę telewizorów czy komputerów, zatem nasza akcja jest jak najbardziej potrzebna. Robiąc sobie prezent pod choinkę zróbmy także prezent naszej Ziemi.

Elektrośmieci stanowią bardzo poważny problem dla wielu instytucji. Jako odpady niepotrzebne nagminnie pozostawiane są w lasach, rowach przydrożnych, kontenerach na śmieci, pod blokami oraz coraz częściej w śmietnikach na przystankach autobusowych. Tego typu zachowanie wynika z niewiedzy lub lenistwa mieszkańców miasta. Informacja zatem jest niezwykle istotna.
Ponad to trwają prace nad rozporządzeniem o minimalnych rocznych poziomach zbierania zużytego sprzętu elektrycznego. Pułap ma być podniesiony z 24 proc. do 39 proc. Chodzi o to, aby zbliżyć się do unijnych wymogów, które obligują do zbierania rocznie ponad 4 kg elektrośmieci na mieszkańca.

O projektach tegorocznych napiszę niebawem.

Zdjęcia z akcji (wybrane)






17.12.2019

Hydrobiologia Limnologia A. Górniak, Z. Kajak

Autorów podręcznika pt. Hydrobiologia - Limnologia, Profesorów Kajaka i Górniaka, miałem przyjemność poznać osobiście. Dlatego z tym większym sentymentem sięgnąłem po tę książkę. W zakresie hydrobiologii dawno się nic nowego nie ukazywało. Każda nowość cieszy.

Jest to podręcznik akademicki adresowany do studentów biologii, geografii, ekologii, ochrony środowiska, inżynierii środowiska i kierunków pokrewnych. Zawiera podstawowe informacje na temat ekosystemów wodnych. Z tego powodu przydatny będzie także hobbystom i praktykom,  zainteresowanym pogłębieniem wiedzy o środowisku naturalnym, funkcjonowaniu hydrosfery, biologii wód, procesach ekologicznych oraz ochronie przyrody i środowiska. Przyda się także nauczycielom oraz licealistom.

Książka wydana została w 2019 r. przez Wydawnictwo Naukowe PWN, liczy 452 strony, łącznie z indeksem specjalistycznych terminów oraz aneksem z tabelarycznym zestawieniem podstawowych parametrów hydrobiologicznych. Ilustracje wyłącznie czarno-białe. Podręcznik prezentuje aktualną, ogólną wiedzę o śródlądowych wodach powierzchniowych, organizmach tam żyjących oraz zależnościach między siedliskiem a funkcjonowaniem zespołów hydrobiontów w różnych typach ekosystemów słodkowodnych. Zawiera podstawowe wiadomości o naturalnych czynnikach regulujących obieg wody w przyrodzie, składzie chemicznym i preferencjach siedliskowych organizmów wodnych od wirusów po kręgowce wodne, z uwzględnieniem form i charakteru antropogenicznych przekształceń siedliska, struktury ekosystemów wodnych, procesów i zjawisk ekologicznych. Podejmuje zagadnienie funkcjonowania ekosystemów jeziornych i rzecznych, w części także źródeł, zbiorników retencyjnych i kanałów.

Niektóre fragmenty moim zdaniem potraktowane zostały zbyt ogólnie (ale wyczerpujący podręcznik do hydrobiologii musiałby być znacznie obszerniejszy). Jego zaletą jest natomiast duże odniesienie do przykładów z Polski. Za nowe i oryginalne należy uznać zamieszczenie ekologicznego podejścia w ocenie stanu ekologicznego wód Polski oraz działań ochronnych, zgodnie z ideą Dyrektywy Wodnej Unii Europejskiej i NATURA 2000, a także uwzględnienie  zakresu i typów świadczonych usług ekologicznych ekosystemów wodnych jako przejawu nowego pojmowania integralnej przestrzeni przyrodniczo-gospodarczej i obiektywnej oceny wartości ekonomicznej naturalnych układów słodkowodnych.

Treść Hydrobiologii została podzielona na pięć części:
  • I Hydrosfera
  • II Siedliska organizmów wodnych
  • III Organizmy wód powierzchniowych
  • IV Funkcjonowanie ekosystemów wodnych
  • V. Woda i człowiek.
Moim zdaniem warte polecenia są rozdziały: Metabolizm ekosystemów wodnych i Antropogeniczne ekosystemy wodne (z części IV), Antropogeniczne przekształcenia ekosystemów wodnych, Ochrona prawna hydrobiontów i ekosystemów wodnych, Biomanipulacja, Środowiskowe usługi wód powierzchniowych oraz Ekosystemy słodkowodne a globalne zmiany klimatyczne (część V). Stanowią one nowe treści w stosunku do podobnych książek wcześniej wydanych.

Dla poszerzenia wiedzy z zakresu hydrobiologii proponuję sięgnąć także do następujących pozycji:
  • J. David Allan "Ekologia wód płynących" Wyd. Naukowe PWN 1998
  • Winfried Lampert, Ulrich Sommer "Ekologia wód śródlądowych", Naukowe PWN 2001
a także sięgnąć do starczy pozycji polskich autorów:
  • Mikulski J. S., 1974 „Biologia wód śródlądowych”, PWN, Warszawa,434 str. 
  • Starmach K., Wróbel S., Pasternak K., 1976. „Hydrobiologia – Limnologia”, PWN, Warszawa, 621 str. 
  • Turoboyski L., 1979. „Hydrobiologia techniczna”, PWN, Warszawa, 444 str.
  • Tarwid K., 1988. "Ekologia wód śródlądowych", Wybrane zagadnienia. PWN 322 str.
  • Żmudziński L., 1997. "Hydrobiologia. Życie wód słodkich i morskich", Słupsk, WSP w Słupsku.


Hydrobiologia Limnologia polecana jest przez blog Profesorskie Gadanie.

14.12.2019

Genomy (Terence A. Brown) - nowoczesny podręcznik na temat genomów i sposobów ich badania

Genomy to aktualna wiedza w dużym formacie (i miękkiej okładce). Przede wszystkim jest to podręcznik akademicki dla studentów nauk biologicznych, rolniczych i medycznych, przeznaczony jest dla studentów: biologii, biotechnologii, bioinformatyki, medycyny, farmacji, rolnictwa i innych pokrewnych kierunków oraz dla początkujących pracowników nauki w tych dziedzinach. Jest również skierowany do wszystkich, którzy chcieliby się dowiedzieć, czym jest współczesna genetyka. Sam dostrzegam jak wiele się zmieniło w wiedzy biologicznej na poziomie molekularnym. Dlatego z przyjemnością zasiadam do systematycznej lektury. Podręcznik ten przydatny będzie także nauczycielom i licealistom, przynajmniej niektóre rozdziały. Dobra i aktualna treść w wygodnej formie i przydatnym układzie treści. Czyli wszystko to, co podręcznik powinien mieć.

Przez kilkadziesiąt lat, od czasów nauki w liceum, potem przez studia biologiczne a w końcu pracę na Wydziale Biologii i Biotechnologii UWM w Olsztynie, zgodnie ze stanem wiedzy uważałem, że kod genetyczny jest uniwersalny. Takie sformułowania są we wszystkich podręcznikach. Okazuje się jednak, że w świetle najnowszych badań, prezentowanych w Genomach, kod genetyczny nie do końca jest uniwersalny, w szczególności genomy mitochondrialne często wykorzystują kodony niestandardowe. Także w genomach jądrowych niższych Eukaryota są wykorzystywane niestandardowe kodony. Ważniejszą zmianą kodu jest zmiana znaczenia kodonu zależna od kontekstu, z którą mamy do czynienia, gdy syntetyzowane białko zawiera selenocysteinę lub pirolizynę. Jak widać kontekst ma znaczenie nie tylko w ekologii. Kontekst rozumiany jako efekt bliskiego otoczenia, sąsiedztwa. Jestem przekonany, że po Genomy powinni sięgną także filozofowie, nie tylko zajmujący się ogólna teoria systemów.

To już kolejne wydanie Genomów, uzupełnione i zaktualizowane. W tym wydaniu na pierwszy plan wysuwa się rozwój transkryptomiki i genomiki, który osiągnął taki poziom, że można było opisać procesy transkrypcji i translacji zachodzące w całych genomach, a nie na podstawie procesów ekspresji pojedynczych genów.

Genomy podzielone są na cztery części: Badanie genomów, Anatomia genomów, Ekspresja genomów, Pytanie, jak genomy się replikują i ewoluują. Części podzielone są na rozdziały, całość ilustrowana przejrzystymi schematami. Każdy rozdział zawiera zestaw krótkich pytań i pogłębionych zagadnień, co niewątpliwie ułatwia samodzielne sprawdzanie opanowania treści. Jest także dużym udogodnieniem dla nauczycieli. Każdy rozdział zawiera także listę polecanych lektur (artykuły naukowe, przeglądowe i książki), które umożliwiają dalsze pogłębianie wiedzy. Na końcu książki znajduje się słownik terminów - przydatny dla każdego, kto zaczyna poznawanie genomów. Krótkie pytania pokrywają się z zawartością danego rozdziału. Natomiast pogłębione pytania wymagają już bardziej szczegółowych odpowiedzi.

W podręczniku kluczowe kwestie są wytłuszczone, co znacząco ułatwia wyszukiwanie potrzebnych informacji jak i uczenie się. Poglądowe ilustracje oraz marginesy są typowe dla dobrego i nowoczesnego podręcznika - ułatwiają wyszukiwanie i wynotowywanie dodatkowych kwestii

Genomy są dobrze przygotowanym podręcznikiem dla wykładowców, dlatego że zawarte w książce ilustracje dostępne są na dedykowanej stronie www w formacie Power Point i jpg. Dostępna jest także pomoc w uzyskaniu odpowiedzi na pytania pogłębione, zamieszczone na końcu każdego rozdziału.

Więcej o zawartości powie spis treści:
  1. Genomy, transkryptomy i proteomy
  2. Analiza DNA
  3. Mapowanie genów
  4. Sekwencjonowanie genomów
  5. Anotacja genomu
  6. Ustalanie funkcji genu
  7. Eukariotyczne genomy jądrowe
  8. Genomy prokariontów i organelli eukariotycznych
  9. Genomy wirusów i ruchome elementy genetyczne
  10. Dostępność genomu
  11. Rola białek wiążących DNA w ekspresji genomu
  12. Transkryptomy
  13. Proteomy
  14. Ekspresja genomu w kontekście komórek i organizmów
  15. Replikacja genomu
  16. mutacje i naprawa DNA
  17. Rekombinacja i transpozycja
  18. Drogi ewolucji genomów
Genomy Terence'a A. Browna (przekład pod redakcją Piotra Węgleńskiego) wydane zostały przez PWN w 2019 r. (jako trzecie wydanie, wcześniejsze w latach 2001, 2009).

Książka polecana jest przez blog Profesorskie Gadanie.


13.12.2019

GMO i czarownice, czyli nasze współczesne zabobony


W czasie wyjazdu zaszedłem do sklepu aby kupić coś słodkiego na wieczór. Wiadomo, w hotelu nie ma domowej lodówki ani szafki ze smakołykami. Skusiły mnie ciasteczka jaglane. Już miałem włożyć do koszyka, gdy zobaczyłem napis "Bez GMO". O matko, i tu też? Coraz więcej produktów oznaczanych jest jako "bez GMO". Ewidentnie marketing podąża za gustami konsumenckimi. Najwyraźniej w pierwszej połowie XXI wieku GMO robi za czarownice. Coś złego, niedobrego i trzeba oznaczać wolne od złych mocy produkty. Ciasteczek jaglanych nie kupiłem bo nie kupuję lansowania głupoty. Wybrałem inne ciastka.

W mediach można spotkać sporo artykułów straszących GMO (organizmami zmodyfikowanymi genetycznie). Niedawno trafiłem na artykuł pt. Geny z żywności GMO mogą przechodzić do krwiobiegu. Oczywiście zajrzałem z ciekawości. Było nawet powołanie się na artykuł naukowy. Tyle tylko, że po zajrzeniu do pracy oryginalnej okazało się, że nic tam nie ma, o czy portal internetowy donosił. To znaczy trochę było, ale mocno przeinaczone,

Bo w czym mogłoby zagrażać GMO w pokarmie, który spożywamy (np. mleko od krów karmionych paszą bez GMO lub z GMO). Wszystko co jemy, a pochodzi od organizmów żywych, zawiera DNA. Gdyby więc DNA z GMO miało komukolwiek zagrażać, to także DNA z każdego innego posiłku. Przez długie lata uważaliśmy, że w procesie trawienia DNA całkowicie jest rozkładane na czynniki pierwsze.  Owszem, pojawiły się nowe badania, które wskazują, że przez barierę jelitową przenikać mogą małe fragmenty DNA (ale nie geny). Cóż to oznacza? Także i to, że małe fragmenty DNA przenikały z pokarmu przez miliony lat. A konsumujemy bardzo szeroki asortyment bakterii, grzybów, roślin i zwierząt. Straszenie GMO w pokarmie opiera się na ignorancji biologicznej i niewiedzy. Jest niczym dawne straszenie czarownicami co to rzucają zły urok, zabierają mleko krowom itd. Taki współczesny zabobon. Dziwić się można tylko, że trafił tak powszechnie do marketingu... A może po prostu ludzie tak bardzo się nie zmienili w ciągu ostatnich stuleci czy tysiącleci?

Czy żywność z organizmów GMO może szkodzić człowiekowi? Tak, może ale nie genami a pestycydami. Niektóre odmiany roślin GMO są odporne na pestycydy (herbicydy, insektycydy), dlatego rolnik może stosować więcej tych chemicznych środków ochrony roślin. I potem w większej lub mniejszej ilości pestycydy znajdują się w pokarmie. Niestety, na produktach spożywczych brakuje informacji o zawartości lub braku pestycydów, antybiotyków czy innych chemioterapeutyków. Brakuje więc tak na prawdę ważnych informacji a w zamian pojawiają się magiczne sformułowania "bez GMO", niczym "koszerne", "wolne od uroku" itd. To taka zasłona dymna i odwracanie uwagi?

Ale wróćmy do cytowanego artykułu na portalu. Oto cytat z początku tekstu: "Powszechna wśród przedstawicieli przemysłu koncepcja, jakoby DNA z genetycznie modyfikowanych organizmów rozpadało się w naszym przewodzie pokarmowym stając się tym samym nieszkodliwe, okazuje się być nieprawdą. Publikacja w czasopiśmie naukowym PLOS ONE [link] dowodzi, że duże fragmenty DNA z pokarmu GMO mogą przenosić swoje geny do ludzkiego krwiobiegu. A to oznacza, że wpływ żywności transgenicznej na nasz organizm będzie inny niż żywności pochodzenia naturalnego."

Wszystko się w zasadzie zgadza, poza wstępem i wnioskiem. Wytłuszczony na czarno fragment to informacje z naukowego czasopisma. Na niebiesko zaznaczyłem informację wstępną a na czerwono wniosek (odredakcyjny). Dalej w mocy badań naukowych utrzymać można tezę, że DNA z każdego pokarmu, także tego GMO, rozpada się w procesie trawienia. W artykule naukowym (o tym dokładniej będzie niżej) mowa jest o cfDNA czyli circulating free DNA (cfDNA), krążącym wolnym DNA czyli zdegradowanych fragmentach DNA, uwalnianych do osocza krwi. Chciałbym przypomnieć, że fragmenty DNA nie są jeszcze genami. W cytowanym artykule naukowym z PLOS ONE w ogóle nie było mowy o GMO (w jednym miejscu tylko wzmianka). To czysta nadinterpretacja a w zasadzie manipulacja. Można sprawdzić samemu. Warto wrócić do podstaw wiedzy z genetyki i biologii molekularnej. To jeszcze jeden przykład na to, że we współczesnym świecie bardzo potrzebna jest wiedza z zakresu nauk przyrodniczych. Nawet w odniesieniu do przeciętnego zjadacza chleba a dziennikarzy w szczególności (by nie upowszechniali głupot). Polecam chociażby Wikipedię (ale na polskojęzycznej Wikipedii jeszcze nie ma analogicznego hasła).

Warto przy okazji dodać, że "cfDNA można zastosować do opisania różnych form DNA swobodnie krążących w krwioobiegu, w tym krążącego DNA nowotworu (ctDNA) i wolnego od komórek płodowego DNA (cffDNA). Podwyższony poziom cfDNA obserwuje się w raku [choroby nowotworowe], szczególnie w zaawansowanej chorobie." Na początku zainteresowano się cfDNA jako przydatnym biomarkerem chorób nowotworowych ale później zaczęto wykorzystywać jako biomarkery innych chorób, związanych z ciążą, posocznicą, aseptycznym zapaleniem, zawałem mięśnia sercowego, udarem mózgu, przeszczepami, cukrzycą itd. "cfDNA jest głównie dwuniciową cząsteczką pozakomórkowego DNA, składającą się z małych fragmentów (70 do 200 pz) i większych fragmentów (21 kb) i został uznany za dokładny marker dla diagnozy z rakiem prostaty i raka piersi. Inne publikacje potwierdzają pochodzenie cfDNA z raka, a cfDNA występuje u pacjentów z zaawansowanym rakiem. Bezkomórkowe DNA (cfDNA) jest obecne w krążącym osoczu, także w innych płynach ustrojowych."

Wróćmy do omawianego artykuł "Geny z żywności GMO" i przytoczonego wyżej fragmentu (zwłaszcza tego, zaznaczonego na czerwono). Dalej są już niestety wymieszane fakty z badań z ich subiektywną interpretacją "W publikacji przedstawiono wyniki badań otrzymanych w 4 niezależnych eksperymentach, w których przebadano ponad 1000 ludzkich próbek. Naukowcy z uniwersytetów z Węgier, Danii i Stanów Zjednoczonych, analizowali proces asymilacji sprzedawanej na całym świecie żywności GMO wraz z jej pochodnymi, takimi jak: bogaty w fruktozę syrop kukurydziany (HFCS), białko sojowe czy mięso zwierząt karmionych paszą GMO. W trakcie analizowania sposobu przetwarzania przez ludzkie ciało różnych form GMO odkryto, że w procesie trawienia DNA pochodzące z żywności GMO nie ulegało całkowitemu rozpadowi. To, co normalnie rozpadłoby się na mniejsze elementy takie jak aminokwasy czy kwasy nukleinowe, pozostawało nienaruszone. A żeby było jeszcze ciekawiej, to większe fragmenty DNA z żywności GMO przechodziły bezpośrednio do ludzkiego układu krwionośnego. Otóż owszem badano ale nie żywność z GMO. Oczywiście, można wnioskować, że skoro z każdej żywności przedostają się fragmenty DNA jako cfDNA do krwiobiegu, to także muszą z żywności, wyprodukowanej z GMO. Trudno odróżnić fakty od interpretacji. Raczej na pewno jest to celowa manipulacja, świadome przekłamanie. Albo emocjonalne zorientowanie na wyniki jakich się oczekuje. W metodologii naukowej takie zjawiska są eliminowane ale dobrze się mają w prasie popularnej.

Czego dotyczy publikacja z PLOS ONE z 2013 roku? Warto przytoczyć abstrakt, czyli streszczenie tego artykułu naukowego "Nasz krwiobieg jest uważany za środowisko dobrze oddzielone od świata zewnętrznego i przewodu pokarmowego. Zgodnie ze standardowym paradygmatem duże makrocząsteczki spożywane z jedzeniem nie mogą przejść bezpośrednio do układu krążenia. Uważa się że podczas trawienia białka i DNA są rozkładane na małe składniki, odpowiednio aminokwasy i kwasy nukleinowe, a następnie wchłaniane przez złożony proces aktywny i rozprowadzane do różnych części ciała przez układ krążenia. W naszej pracy, w oparciu o analizę ponad 1000 próbek ludzkich z czterech niezależnych badań, podajemy dowody, że fragmenty DNA pochodzące z posiłków, które są wystarczająco duże, aby przenosić pełne geny, mogą uniknąć degradacji i poprzez nieznany mechanizm dostać się do układu krążenia człowieka. W jednej z próbek krwi względne stężenie roślinnego DNA jest wyższe niż ludzkie DNA. Stężenie DNA rośliny wykazuje zaskakująco precyzyjną logarytmicznie normalną dystrybucję w próbkach osocza, podczas gdy próbka kontrolna inna niż osocze (krew pępowinowa) była wolna od roślinnego DNA." Proszę zwrócić uwagę, że w ogóle nie jest podejmowany temat GMO!

Na marginesie chciałbym zaznaczyć, że w naszych organizmach mogą znajdować się komórki z obcym DNA (trafiające od matki lub od starszego rodzeństwa za pośrednictwem matki), trafiające w ramach mikrochimeryzmu. Ponadto w naszym organizmie żyje bardzo dużo bakterii, archeonów, grzybów itd, tworząc mikrobiom jelitowy. Korzystamy z "cudzych" genów i z "cudzych" metabolitów by dobrze i zdrowo funkcjonować.

Ale wróćmy do cytowanego artykuły naukowego. "Stężenie cfDNA u zdrowych osób wynosi od 0 do 100 ng /ml ze średnią 13 3 ng / ml. Poziom ten zwiększa się o rząd wielkości w różnych typach raka do średnio 180 38 ng / ml (...). Sposób, w jaki krążące cfDNA jest następnie eliminowane z krwi, pozostaje ogólnie nieznany, ale u pacjentów z guzami obserwowano zmieniony metabolizm nukleotydów. Zgodnie z tą hipotezą wzrost stężenia cfDNA jest spowodowany zmniejszoną aktywnością DNazy w plazmie nowotworowej, a leczenie myszy nowotworowych ultra niskimi dawkami nukleaz znacznie zmniejsza przerzuty do wątroby i płuc (...). Z drugiej strony według Holdenrieder i in. [15] wydajność nukleaz w osoczu jest ograniczona, ponieważ struktura kompleksów nukleoproteinowych jest w stanie chronić cfDNA przed degradacją. (...) Istnieje wiele, czasem sprzecznych, teorii dotyczących uwalniania cfDNA i jego dystrybucji w ciele. Ponadto jesteśmy dopiero na pierwszych etapach odkrywania mechanizmów komórkowych i molekularnych, które przenoszą cfDNA z komórek do krwi. Początkowo pochodzenie patogenów przypisywano cfDNA, później różne stany patologiczne, takie jak rak, zapalenie i choroby autoimmunologiczne, podczas gdy ostatecznie wykazano, że jest ono obecne w osoczu pacjentów z normalnymi warunkami fizjologicznymi (...). Nasze obecne rozumienie jest takie, że komórki apoptotyczne - które są również obecne u zdrowych osób - są głównym źródłem. Dodatkowo w różnych chorobach (stan zapalny, autoimmunologiczny, uraz i rak) komórki martwicze mogą zwiększać poziom cfDNA (...). Istnieje alternatywna teoria, która sugeruje, że białe krwinki są głównym źródłem cfDNA. Lee i in. [22] przypisuje wyższe stężenie w surowicy niż w próbkach osocza procesowi krzepnięcia, spowodowanemu lizą białych krwinek. Również w limfocytach DNA o niższej masie cząsteczkowej niż genomowy DNA może tworzyć kompleks z glikoproteinami i być aktywnie uwalniany do krwioobiegu, aby działać jako cząsteczka sygnalizacyjna na różnych ścieżkach przekazywania sygnału."

Autorzy tej publikacji przytaczają także informacje, że poza ludzkimi komórkami badanej osoby także i inne organizmy mogą przyczyniać się do budżetu cfDNA. Czyli cfDNA może być pochodzenia autogennego (z własnego organizmu, z rozpadu własnych komórek) jak i zewnętrznego. Na przykład takie fragmenty mogą pochodzić od dawcy w wyniku transplantacji. Innym przykładem jest zaobserwowanie płodowego cf DNA w osoczu matki. Jeszcze innymi źródłami takich fragmentów DNA mogą być wirusy, bakterie oraz pokarm. "DNA ze spożywanej żywności zwykle nie jest uważane za możliwe źródło cfDNA, ponieważ podczas trawienia żywności uważa się, że wszystkie makrocząsteczki ulegają degradacji do elementarnych składników, takich jak aminokwasy i nukleotydy, które są następnie przenoszone do układu krążenia poprzez kilka złożonych aktywnych procesów."

"Testując sekwencje w stosunku do zbioru genomów chloroplastowych NCBI ( Tabela 1), ponad 25 000 odczytów sekwencji (Tabela 2) dopasowano do chloroplastów roślinnych, wśród których Solanum tuberosum (ziemniak) i/lub blisko spokrewniony Solanum lycopersicum (pomidor) były najliczniejsze. Obliczając statystyki dla samego chloroplastu pomidora, 127 885 z 155 461 nukleotydów w plastomie jest objętych co najmniej jednym odczytem dla próbki IBD. Średni zasięg wynosi 6,3, co jest wyższe niż zasięg próbki 4,9 dla ludzkiego genomu (patrz ryc. 1)). Znaleźliśmy wskazówki dotyczące obecności DNA od innych gatunków związanych z żywnością (np. drobiu), ale z powodu większej homologii genetycznej między kręgowcami potrzebne byłyby większe próbki do uzyskania przekonujących wyników."

Warto przytoczyć wniosek autorów: "Wszystkie te wyniki potwierdzają nasz wniosek, że fragmenty DNA pochodzące z posiłku są w stanie uniknąć całkowitej degradacji w przewodzie pokarmowym i wejść do krążenia poprzez nieznany wcześniej mechanizm." i dalej: "Analiza wszystkich publicznie dostępnych danych dotyczących sekwencjonowania DNA bez krążących komórek ponad 1000 ludzi potwierdza naszą hipotezę, że obecność obcego DNA w ludzkim osoczu nie jest niczym niezwykłym. Wykazuje dużą zmienność u osobników po uderzająco dobrze logarytmicznej dystrybucji z najwyższym stężeniem u pacjentów z zapaleniem (choroba Kawasaki, IBD). Odkrycia te mogą doprowadzić do zmiany naszego poglądu na mechanizmy degradacji i absorpcji kwasów nukleinowych w ludzkim ciele."

Z pewnością są to bardzo ciekawe fakty i rzucające nowe światło na biologię molekularną. Wymagają potwierdzenia przez innych uczonych i inne laboratoria. Do tej pory się nie interesowałem tym zagadnieniem. Od 2013 roku upłynęło już sporo czasu i z pewnością jest bogata literatura na ten temat.

Na zakończenie chciałbym podkreślić, że w szerokim sensie wszyscy jesteśmy GMO, bo przecież sam proces rozmnażania płciowego jest... modyfikowaniem genetycznym! Ale i organizmy prokariotyczne mają procesy wymiany i rekombinacji genetycznej (że wspomnę tylko o plazmidach).

Dla obawiających się wbudowywania genów z GMO chciałbym przytoczyć jeszcze przykład dzieworodnych wrotków (Rotatoria) z Bdeloidea - różnorodność genetyczną, tak ważną dla procesów ewolucyjnych, czerpią... z pokarmu. Fragmenty DNA swojego pokarmu wbudowują w swój własny DNA (Czytaj: Jedzenie zamiast seksu). Biologia jest fascynująca. Warto śledzić najnowsze odkrycia i zaglądać do nowszych podręczników. Niebawem więcej napiszę o dwóch nowych książkach.

Wspominany artykuł z PLOS ONE Complete Genes May Pass from Food to Human Blood, Sándor Spisák, Norbert Solymosi, Péter Ittzés, András Bodor, Dániel Kondor, Gábor Vattay, Barbara K. Barták, Ferenc Sipos, Orsolya Galamb ,Zsolt Tulassay, Zoltán Szállási, Simon Rasmussen, Thomas Sicheritz-Ponten, July 30, 2013https://doi.org/10.1371/journal.pone.0069805

11.12.2019

Dzień Chruścika 2019





Już od kilkunastu lat obchodzony jest Dzień Chruścika. Ja w tym roku zapomniałem.... Ale za to inni nie zapomnieli! Na przykład taki oto wierszyk edukacyjny, którego autorką jest Izabela Budzyńska, zilustrowany został przez Leszka Galężewskiego.

A niżej oryginalny wpis z Facebooka Izabeli Budzyńskiej:

"Moi Kochani! Dzisiaj Dzień Chruścika :) To taki miły robaczek, który zanim stanie się motylkiem buduje domek z kamyczków i innych różności, żeby znaleźć w nim schronienie. Zdobył moje serce :) i zainspirował do napisania wierszyka. Znajdzie się on w towarzystwie innych wierszy o owadach w mojej następnej książce, która, mam nieśmiałą nadzieję, znajdzie czułe schronienie na Waszych półkach z literaturą. Pozdrawiam Olsztyn, gdzie fanów chruścika jest najwięcej na świecie :) ( I nie mam na myśli wędkarzy... ) Cudowne ilustracje zrobił Leszek Gałężewski"

10.12.2019

System czyli o poszukiwaniu czułego i czwartoosobowego narratora



Olga Tokarczuk, w swoim noblowskim przemówieniu, wspomniała o nieistniejącym jeszcze czwartoosobowym narratorze, postulując w ten sposób zmiany w języku by lepiej opisać złożoną rzeczywistość. Język, w tym język nauki, ciągle się rozwija wraz z poszerzającym się ogólnoludzkim horyzontem wiedzy. To, co dziś jest przeczuwane ale jeszcze niewysłowione, jutro może być codziennością, opisującą współczesne sprzeczności.  

System jest czymś, co nie do końca jest widoczne. Przez to doszukujemy się paradoksów i sprzeczności. Czy biologia przeczy fizyce? Tak czasem mogłoby się wydawać. Ale przez to bliższa jest człowiekowi, sztuce i literaturze. Jeśli się jednak wgłębić funkcjonowanie systemów biologicznych to okaże się, że fizyka może dopasować się do biologii a dla opisu zjawia życia, pozornie chaotycznego, można znaleźć adekwatny język matematyki. Tak więc życie biologiczne (a co za tym idzie biologia jako nauka) nie stoi w sprzeczności ani z fizyką, ani z matematyką. Ani nawet z literaturą. Złożoność jest zawsze trudna do zrozumienia, niezależnie czy dostrzegamy ją  na gruncie biologii, fizyki, matematyki czy literatury.

Holistyczna definicja podkreśla, że system to więcej niż suma jego części. Stwierdzenie to pozornie sprzeczne jest z arytmetyką. Bo suma to suma i nie przewiduje się jakichś ekstra dodatków. Dwa dodać dwa równa się cztery a nie cztery i coś jeszcze (czyli 5 lub 4 z ułamkiem). Niemniej od wielu wieków poszukiwaliśmy owego niewidocznego „arytmetycznego” naddatku. Kiedy obserwujemy dużą ławicę ryb czy lecące stado ptaków, to widzimy pojedyncze osobniki ale i spójnie zachowującą się całość. Samodzielnie a jednak razem i wspólnie. Lepiej to widać z oddali.

Przez lata biolodzy i filozofowie poszukiwali tajemniczej siły vis vitalis, która była wspominam wyżej „czymś więcej” i nie wynikała z sumy elementów. Życie jawiło się nam jako coś niezwykłego i nieredukowalnego. Dzielono także na materię nieożywioną (pozbawione tej tajemniczej vis vitalis) i materię żywą. Wiedza o świecie od tego czasu znacząco się zmieniała ale my ciągle w języku mamy „materię nieożywioną” – choć już inaczej ją rozumiemy. Element jest ale już w innych relacjach z innymi elementami pojęciowymi.

Skoro nie materia nas różni to może budowa chemiczna, system powiązania atomów w związkach chemicznych? Dawniej uważano także, że związki organiczne są wyjątkowo specyficzne i powstają (występują) tylko w organizmach żywych. Ten pogląd runął, gdy udało się po raz pierwszy zsyntetyzować związki organiczne z „nieorganicznych”. Granica została zatarta, niemniej w języku pozostała chemia organiczna. Suma elementów taka sama ale relacje miedzy nimi już nieco inne.

Przez długie dziesięciolecia uważano, że życie przeczy drugiej zasadzie termodynamiki, że jest w konflikcie z entropią i nie da się pogodzić z prawami fizyki. Teraz tak nie uważamy. Po prostu filozofowie niewłaściwie uogólniali drugą zasadę termodynamiki. A sami fizycy zajęli się termodynamiką nierównowagową i procesami chaotycznymi. Na gruncie biologii powstała ogólna teoria systemów, próbująca opisać i zrozumieć nie tylko biologiczne systemy ale także te „nieorganiczne” i społeczne. Narodziła się cybernetyka a w układach elektronicznych coraz bardziej zbliżamy się do biologicznej złożoności. Coraz częściej mówimy także o organizacji jako ważnej ”niewidocznej” cesze systemów.

System to organizacja oraz relacje między elementami (nie jest zwykłą sumą lecz także sposobem ułożenia elementów). Naukowcy nieustannie szukają języka by lepiej opisać tak zarysowane zjawiska. I krok po kroku im się udaje. Relacje i przepływ informacji ważne są zarówno dla systemów biologicznych jak i społecznych. Także w literaturze.

 „Marzy mi się język, który potrafi wyrazić najbardziej niejasną intuicję (…) Marzy mi się także nowy rodzaj narratora – "czwartoosobowego", który oczywiście nie sprowadza się tylko do jakiegoś konstruktu gramatycznego, ale potrafi zawrzeć w sobie zarówno perspektywę każdej z postaci, jak i umiejętność wykraczania poza horyzont każdej z nich, który widzi więcej i szerzej, który jest w stanie zignorować czas.” (Olga Tokarczuk)

Pisarze poszukują coraz lepszego języka a naukowcy wzorów, algorytmów i języka nauki by lepiej opisać to, co się przeczuwa i gdzieś mgliście dostrzega. Zarówno literatura jak i nauka są wspólnotowe, zachodzą w relacjach międzyludzkich i we współpracy. W systemie. Wyzwaniem jest to by wynaleźć nowy język do opisu nowej, tworzącej się rzeczywistość. Złożonego życia biologicznego i społecznego. Matematyka znalazła, fizyka znalazła, to może i niebawem literatura znajdzie. Czego namacalnym przykładem są słowa naszej noblistki Olgi Tokarczuk: „Dlatego wierzę, że muszę opowiadać tak, jakby świat był żywą, nieustannie stawającą się na naszych oczach jednością, a my jego – jednocześnie małą i potężną – częścią.”   

Jedno mnie tylko smuci. Żyję w ideale oświeceniowym wierząc, że edukacja i wiedza poprawiają losy ludzi i ludzkości. Obserwujemy w ostatnich dziesięcioleciach niewyobrażalnie duży przyrost wiedzy, liczby osób potrafiących pisać i czytać, poszerzające się repozytorium wiedzy, do którego jest coraz łatwiejszy dostęp coraz większej liczby ludzi. A mimo to ludzie "są głupi" jako społeczeństwa. W tym systemie muszą działać jeszcze jakieś inne, dziwne relacje i oddziaływania. Trzeba je odkryć. 

"Jan Amos Komenski, wielki pedagog XVII wieku, ukuł termin "pansofia", w którym zawarł idee możliwej omniscjencji, wiedzy uniwersalnej, która pomieści w sobie wszelkie możliwe poznanie. Było to także i przede wszystkim marzenie o wiedzy dostępnej każdemu. Czyż dostęp do informacji o świecie nie zmieni niepiśmiennego chłopa w refleksyjną jednostkę świadomą siebie i świata? Czy wiedza na wyciągnięcie ręki nie sprawi, że ludzie staną się rozważni i mądrze pokierują swoim życiem?"  (Olga Tokarczuk)

Ciągle wierzę, że wiedza na wyciągniecie ręki sprawi, że ludzie stawać się będą mądrzejsi, rozważniejsi i mądrzej pokierują życiem globalnego społeczeństwa. Mam na myśli globalne ocieplenie, jego przyczyny i katastrofalne skutki

(rozszerzona wersja felietonu, napisanego dla VariArtu)

9.12.2019

Przemęczenie w czasach mechanizacji - a może moglibyśmy mniej pracować?


Coraz więcej automatyzacji, cyfryzacji i robotyzacji. Maszyny i algorytmy wykonują za nas coraz więcej pracy, tej fizycznej jak i tej umysłowej. A mimo to nie pracujemy mniej. Co najwyżej wydajniej. Więcej i więcej. Logika ekonomii... Jedni są sfrustrowani bo są przepracowani, inni bo są bezrobotni...

Sam na sobie doświadczam. Od kilku lat próbuję zwolnić, pracować mniej. Nie bardzo się udaje. W ostatnich miesiącach trafiła mi się nieprzewidziana kumulacja. Wielotygodniowe przemęczenie daje o sobie coraz wyraźniej znać - popełniam coraz więcej błędów, coraz więcej widzę swoich niedoróbek, zaległości i oddawania prac na ostatnią chwilę. Albo nawet po terminie...

W czasie jazdy olsztyńskim zieleniakiem (czyli autobusem miejskim, który nie jest czerwony, więc czerwoniakiem nie mogę go nazwać) stałem się mimowolnym świadkiem rozmowy dwóch pań. Najwyraźniej były pracownicami jakiegoś urzędu. Rozmawiały o dniu 27. grudnia, w którym muszą przyjść do pracy. W takie odrabiane soboty (za inne dni wolne) w zasadzie nic nie robią, bo interesanci nie przychodzą, poczta nie jest dowożona (najwyraźniej nie pracuje). Nie ma więc nowych spraw, którymi mogłyby się zająć. Co najwyżej poprawić lub uzupełnić stare i zaległe. Pozostaje więc przymusowe i bezproduktywne przebywanie w pracy. Ani nie pracują ani nie wypoczywają. A skoro nie wypoczywają, to w nowym tygodniu przychodzą do pracy mniej wypoczęte. Coś narasta...

Trudno pracować intelektualnie 8 godzin bez przerwy. Można za to pozorować... by "karbowy" , nawet ten z cyfrowym okiem, nie potrącał dniówki lub nie wzywał na dywanik. Niedawno słyszałem o udanym eksperymencie w Japonii. Chyba w tamtejszym oddziale Microsoft skrócono tydzień pracy do czterech dni. W rezultacie wzrosła efektywność i wydajność pracy. Wypoczęci ludzie lepiej pracują. Po co więc takie odrabiane soboty? Ani pracy ani wypoczynku. I w rezultacie więcej błędów, pomyłek, niedoróbek. I mniej szczęścia.

Po co nam ta automatyzacja, która nie daje nam więcej wolnego czasu i więcej szczęścia? Bo chcemy coraz więcej i więcej? Slow life nieodłącznie związany jest z minimalizmem. Mniej konsumować by mniej pracować... i mniej zużywać zasobów Ziemi. Takie mam coraz natarczywiej stawiane postanowienie adwentowe i noworoczne. Byle tylko przetrwać tę nieszczęsną kumulację nadmiaru pracy...

Ale może studenci też są przepracowani (i uczniowie w szkole)? Może część błędów i złych odpowiedzi, gorzej zdanych testów, napisanych klasówek też ma taka przyczynę? Tak więc nie ma tego złego co na dobre obrócić nie byłoby można. Mam na myśli doświadczenie i refleksję. Ale na tę ostatnią potrzeba wolnego czasu i odpoczynku. Potrzeba kreatywnego nudzenia się.

5.12.2019

Dziękuję studentom Wydziału Biologii i Biotechnologii za bardzo ważne dla mnie wyróżnienie


Bardzo serdecznie dziękuję studentkom i studentom Wydziału Biologii i Biotechnologii za wyróżnienie tytułem Belfra roku 2019 w wydziałowym, pierwszym etapie plebiscytu. Zajęcia dydaktyczne są dla mnie ważne a kontakt ze studentami zawsze sprawia mi dużą satysfakcję we wspólnym odkrywaniu świata nie tylko biologicznego. Dlatego to Wasze wyróżnienie jest dla mnie  ważne i czuję się bardzo uhonorowany. Dziękuję.

Informacja od Was (jeszcze ta nieoficjalna) dotarła do mnie w sposób nietypowy ale bardzo współczesny - przez messengera (odebrałem w telefonie), gdy byłem na zajęciach. Taka forma sprawiła mi małą satysfakcję bo staram się odkrywać mobilny internet do kontaktów zawodowych i edukacyjnych oraz próbuję się wdrożyć w to poznawanie nowych możliwości także i studentów. Informacja była dużą niespodzianką a forma szczególną formą ewaluacji. Coś się jednak udało. Podwójna radość.

Waszą nominację traktuję jako wspólne wyzwanie i kolejny edukacyjny projekt. By uczyć się współpracy i działań zespołowych, czyli ważnych kompetencji społecznych. Może wspólnie uda się nam wywalczyć drobny sukces dla Wydziału Biologii i Biotechnologii. A na pewno może to być dobra, edukacyjna zabawa i budujące zespół przeżycie.

Głosowanie wydziałowe w tym roku odbyło się w ostatnim tygodniu listopada. Każdy student mógł wyróżnić jednego wykładowcę, którego wyjątkowo ceni za sposób prowadzenia zajęć, osobowość czy podejście do swojej pracy. Na każdym z wydziałów Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie studenci wybrali swoich ulubionych wykładowców. Finałowe głosowanie zaplanowano w dniach 13-19 stycznia 2020 roku. Tytuł Belfra na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie zostanie przyznany po raz czternasty. W poprzednich edycjach plebiscytu zwyciężali przedstawiciele pięciu wydziałów: Wydziału Matematyki i Informatyki oraz Wydziału Medycyny Weterynaryjnej (po cztery razy), Wydziału Bioinżynierii Zwierząt oraz Wydziału Nauk Ekonomicznych (po dwa razy) i Wydziału Geodezji, Inżynierii Przestrzennej i Budownictwa. Wydział Biologii i Biotechnologii nie miał jeszcze takiego zwycięstwa, wiec może spróbujemy i tym razem wspólnie powalczyć.

Więcej na stronie Radia UWM FM oraz w wywiadzie radiowym

Jeszcze raz dziękuję i wznoszę w górę ręcznie malowaną filiżankę Anny Wojszel (już absolwentki) by wspólnie wypić zieloną herbatę w niecodziennym miejscu. Bo uczymy się całe życie, na dodatek w nietypowych miejscach. Studenci są wszędzie tam, gdzie ktoś szuka wiedzy, nowych odkryć małych i dużych oraz chce o swoich odkryciach innym opowiadać.Zdjęcie zrobione w Europejskim Skarbcu Kultury w Barczewie w czasie jakiegoś pikniku artystyczno-edukacyjnego. To była chyba niedziela z cittaslow, ale dokładnie nie pamiętam. Bo przecież wykłady można prowadzić w każdym miejscu .

A niżej wspomnienie ze wspólnych działań na Dniu Otwartym Uniwersytetu. Wtedy uruchamialiśmy międzywydziałowy kierunek Dziedzictwo kulturowe i przyrodnicze - stąd ten "dziwny strój" (przez moment wcieliłem się w rolę starożytnego Prusa).


4.12.2019

Dlaczego studenci nie uczestniczą w dyskusji ?


Gdy studenci nie są aktywni i nie uczestniczą w dyskusji na zajęciach to spychają prowadzącego ku metodzie podającej. Sam wszystko musi powiedzieć i wypełnić czas. Metody podające bywają często nudne. Za taki stan rzeczy, za tworzenie wspólnego środowiska edukacyjnego, w jakimś sensie obie strony są współodpowiedzialne. Oczywiście, to prowadzący zajęcia: nauczyciel, wykładowca, prelegent jest ekspertem i to na nim spoczywa dużo większa odpowiedzialność za tworzenie dobrego środowiska edukacyjnego i warunków do dyskusji. Ale i student, słuchacz, uczeń też ma wpływ na swoją edukację. Gdy jest bierny i potulny lub gdy jest zbuntowany i chcący zmieniać świat i siebie samego - za każdym razem buduje otaczające go środowisko edukacyjne (różne są jedynie efekty). We własnym interesie nie powinien być bierny. W każdych warunkach.

Na pewnym szkoleniu pracownicy akademiccy próbowali wczuć się w rolę studentów. Zastanawiali się dlaczego studenci czasem (często, zazwyczaj, rzadko - niepotrzebne skreślić) na zajęciach milczą. I takie oto powody milczenia (nieaktywności) wymyślili:

Ja student milczę bo:
  • nie wiem co powiedzieć
  • to nie jest ważne (to co chciałbym powiedzieć)
  • wykładowca mnie nie zachęca do dyskusji (na to mamy wpływ jako prowadzący zajęcia)
  • to mnie nie interesuje
  • nie chcę się zbłaźnić (przed innymi studentami, przed wykładowcą)
  • grupa mnie wyśmieje
  • nie umiem sformułować myśli
  • nie umiem mądrze się wypowiedzieć (by moja wypowiedź miała sens i znaczenie)
  • nie skupiam się, bo myślami jestem gdzie indziej.
Od tego, czy prelegent na wykładzie, nauczyciel w szkole czy wykładowca na uczelni potrafi sobie empatycznie wyobrazić nastrój swojego słuchacza, dużo zależy co i jak będzie próbował robić i jak mówić. Czy nawiąże relacje i dialog, czy też bezradnie wycofa się w wypełniającą czas metodę podającą. Oczywiście najpierw musi chcieć. Chcieć uruchomić swoje neurony lustrzane i wiedzę o współczesnym świecie.

Sprawa nie jest łatwa bo świat wokół nas ogromnie szybko i zasadniczo się zmienia. Dawne nawyki, dobrze opanowane metody, dawny obraz świata szybko się dezaktualizuje. To tak jakbyśmy mieli tę samą mapę... ale próbowali z niej korzystać w różnych miejscach. Co z tego, że mapa dobra i dokładna... jak przygotowana do zupełnie innej sytuacji? 

Zmuszani jesteśmy do nieustannego odkrywania i poznawania rzeczywistości. I najpewniej w dających przewidzieć się dziesięcioleciach to się nie zmieni. Uczyć się uczyć i poznawać - wydaje się  to niezbędną kompetencją. 

A jeśli drogi Czytelniku chciałbyś się włączyć do tych rozmyślań i tworzyć dyskusję, to zapraszam do aktywności w komentarzach, pod tym wpisem.

PS. Na fotografii zamieszczonej wyżej jest pięknie. Ale pusto....